Inom området ligger bland annat det känsliga naturreservatet Motalabuktens öar. Ett unikt område där bergarter som inte längre finns på andra håll i landet finns bevarade. Vidare är Vättern drickvattentäkt för cirka 250 000 människor och hyser fiskearter sedan inlandsisen.

Mot den bakgrunden har Motala kommun försökt stoppa provborrningarna men har nu inte fått något gehör hos Bergsstaten.

Myndigheten konstaterar att det finns anledning att tro att det finns utvinningsbara mineral inom det område som ansökan gäller - från Norra Freberga i Motala till Hovanäset utanför Borghamn i söder. Därför ges tillstånd.

Det villkoras dock med att undersökningen inte får ske i strid med föreskrifter för natur- och kulturreservat enligt länsstyrelsens regelverk. Det innebär att det är förbjudet att påverka sjöbottnen inom Motalabuktens öar utan dispens från reservatföreskrifterna. Dessutom är den obrutna kustlinjen utpekat som ett Natura 2000-område vilket också kräver särskilda tillstånd.