Zlatan Ibrahimovic och Milan såg ut att få nöja sig med 0-0 hemma mot krisdrabbade bottenlaget Genoa.
Då slog Kevin-Prince Boateng till.
Ett närskott från liten vinkel hittade i 86:e minuten in under Sebastien Frey i Genoamålet, och gav Milan en enormt viktig 1-0-seger.
En poängförlust hade varit förödande för Milan i kampen om ligatiteln, eftersom serieledande Juventus samtidigt vann med 1-0 borta mot Cesena efter mål av Marco Borriello. Med fyra omgångar kvar leder Juventus Serie A på 74 poäng, Milan skuggar på 71.
Kampen hårdnade om tredjeplatsen och en italiensk biljett till Champions league-spel nästa säsong, då en uppskjuten omgång i serie A-fotbollen spelades på onsdagen.
Både tabelltrean Lazio och fyran Udinese föll, medan Napoli och Inter närmade sig bakifrån.
Långt bakom tätduon Juventus och Milan står Lazio kvar på 55 poäng efter 1-2 borta mot nästjumbon Novara. Och Udinese föll hemma mot Inter med 1-3.
Wesley Sneijder är tillbaka i Inter och det har gett resultat. På onsdagen svarade holländaren för två mål. Med segern tog sig Inter upp på samma poäng som Udinese, 52.
Ny fyra med 54 poäng är Napoli, som bortabesegrade Lecce med 2-0. Lecce ligger därmed kvar under nedflyttningsstrecket.