Statistikchefen hamnade i hetluften efter att byrån publicerat siffror som visar att den årliga inflationen ligger på 36,1 procent, den högsta nivån på 19 år.
Oppositionen hävdar å sin sida att de ökade levnadskostnaderna är minst dubbelt så höga.
Erdogan har tidigare kritiserat statistikbyrån för statistik som ger en överdriven bild av Turkiets ekonomiska problem.