Nikkei 225-index sjönk 0,6 procent medan det bredare Topix-index backade 0,4 procent.
På andra håll syns överlag en positiv utveckling i fredagshandeln.
Hongkongs Hang Seng-index stiger 0,7 procent, Shanghais kompositindex pendlar kring nollstrecket i den sena handeln.
Även i Sydkorea är det mest mungiporna uppåt, där Seoulbörsens Kospi-index stiger 0,2 procent.
Taiwans viktade index lyfte 1,2 procent.