Nikkei 225-index sjönk 0,1 procent när investerare tog hem vinster efter uppgångarna under de senaste handelssessionerna.
Rederiföretag fanns bland de tyngsta förlorarna. Biltillverkaren Toyotas aktie lyfte däremot 3,5 procent på grund av nyheter om att bolaget nu inte ser någon påverkan på produktionen av den globala bristen på halvledare.
Det bredare Topix-index steg 0,2 procent.
Börserna i Kina, Hongkong, Sydkorea, Taiwan och Singapore är stängda under fredagen på grund av det kinesiska nyåret.