Det kan jämföras med nettovinsten på 1,2 miljarder ett år tidigare.
Minskat resande på grund av covid-19-pandemin förklarar nedgången.
Justerat för engångsposter blev rörelseförlusten 1,3 miljarder euro, vilket kan jämföras med en vinst på 1,3 miljarder ett år tidigare. Försäljningen rasade till 2,7 miljarder euro, ned från 10,1 miljarder under motsvarande kvartal ett år tidigare.
Lufthansa flaggar i rapporten för att kostnader för omstruktureringar kommer slå mot resultatet under årets fjärde kvartal. Hur omfattande omstruktureringarna blir avgörs bland annat av resultatet av förhandlingar med fackliga företrädare, enligt bolaget.
Lufthansa fick i juni nio miljarder euro i statligt stöd och uppger att likviditeten uppgår till 10,1 miljarder.