Beskedet kom strax innan börshandeln skulle inledas på torsdagen.
Enligt börsen handlar problemet om hårdvaruproblem i börsens handelssystem, kallat Arrowhead. Några tecken på att problemen orsakats av externa it-angrepp har inte hittats, enligt börsoperatören.
Handelsavbrottet är den allvarligaste störningen på Tokyobörsen sedan börsen införde elektronisk handel 1999.
Samtidigt är det på torsdagen helgstängt på börserna i Hongkong, Shanghai, Seoul och Taipei.