Antalet passagerare rasade med 80 procent och förlusten för perioden på 197 miljoner euro (drygt två miljarder kronor) kan jämföras med en vinst på 1,15 miljarder euro under motsvarande period i fjol.
Vd Michael O'Leary vill inte ge någon prognos för hela räkenskapsåret, som avslutas i mars 2021, men han räknar med att andra halvåret blir värre än det som avslutades i september.
Kapaciteten kommer att anpassas till att flyga cirka 38 miljoner passagerare under hela räkenskapsåret, mot 149 miljoner ett år tidigare.
Enligt Ryanair kan passagerartrafiken bli ännu lägre om regeringar i EU-länderna fortsätter med okoordinerade reserestriktioner.
Senast Ryanair gjorde en förlust för ett räkenskapsår var 2009, men då gick bolaget plus under sommarhalvåret.