Beskedet är en motgång för Boxholms församling som hade överklagat ett oenigt utslag i Göta hovrätt.
Församlingens styrande har menat att det är fel att skuldsanera efter en uppsåtlig brottslig handling.
Skuldsaneringen gäller en person som för många år sedan försnillade 1,9 miljoner kronor från Svenska kyrkan i Boxholm.
Det var en kyrkokamrer som sedan avtjänade två års fängelse för grov förskingring.
HD saknar de nya omständigheter i målet som skulle ha kunnat motivera en prövning.
Kyrkan har fått tillbaka 1 miljon genom försäkringspengar.
Skulden har genom räntan vuxit till cirka 2,5 miljoner av vilket den tidigare anställde hitills återbetalat cirka 140 000 kronor.