– Jag har informerats om att polisen, på grund av anklagelsernas natur, har bett en åklagare att inleda en undersökning av försvarsmakten och mig, sade Abela i ett tv-sänt tal på fredagskvällen.
Flera maltesiska människorättsorganisationer har polisanmält Abela och en militär befälhavare för brottslig försumlighet när migranterna dog.
Omkring 55 personer fanns ombord på båten, som senare återvände till Libyen under omtvistade omständigheter.
Vincent Cochetel, som är FN:s flyktingorgan UNHCR:s särskilde sändebud för Medelhavet, skriver på Twitter att det är oklart vad som inträffade, men att liv hade kunnat räddas och att räddningsinsatsen inte borde ha försenats.
Malta och Italien har stängt sina hamnar för migranter under coronakrisen med hänvisning till att migranterna kan bära på viruset.