Polisen rubricerar det inträffade som mord eftersom det finns misstanke om att brott har begåtts.
En man i 30-årsåldern greps och anhölls, misstänkt för dådet. Mannen släpptes under dagen men är fortfarande misstänkt för brott.
– Det var mannen som greps som ringde till polisen och uppgav att hans kompis saknades, säger Mats Eriksson, presstalesperson vid Stockholmspolisen, till TT.
Den gripne och den saknade ska ha befunnit sig på båten tillsammans. I samband med att de skulle förtöja båten försvann mannen, enligt uppgifter som polisen fick i samband med larmet, som kom strax efter midnatt.
En räddningsinsats inleddes för att söka efter den försvunne mannen, men han kunde inte hittas.
– Historien går inte riktigt ihop och det är därför som vi antar att brott har begåtts, säger Mats Eriksson.
Båten är beslagtagen och polisen ska göra en teknisk undersökning av den.