På flygbasen Malmen används urea – en kvävehaltig kemisk förening –för halkbekämpning under vinterhalvåret.
Utsläppen av kväverikt dagvatten från flygplatsområdet är en av många källor till övergödning av Östersjön. Försvarsmaktens egenkontroll har visat att dagvattenflödena från området tidvis innehåller toxiska halter av ammoniak för vattenledande organismer i vattendrag. I Kapellån finns bland annat den tjockskaliga målarmusslan som omfattas av artskyddsförordningen. Det är förbjudet att störa arten eller förstöra dess livsmiljö.
Miljöprövningsdelegationen vid länsstyrelsen i Östergötland har ställt en rad krav på Försvarsmakten för att minska utsläppen av kväve från flygplatsområdet. Det handlar bland annat om det ska skapas "lämpliga anordningar" för insamling av dagvatten.
Försvarsmakten har haft invändningar mot beslutet och överklagade till regeringen. Regeringen ger nu Försvarsmakten en prövotid på ett år. Under den tiden ska myndigheten utreda "samtliga tekniskt möjliga åtgärder" för att minska kväveutsläppen från verksamheten. Varje åtgärd ska dessutom tids- och kostnadsberäknas "och dess effekt på begränsningen av de totala kväveutsläppen ska beräknas"
Försvarsmakten ska, enligt regeringens beslut, ange vilka av åtgärderna som myndigheten är beredd att genomföra och inom vilken tid.