16-åringen åtalas för våldtäkt mot barn och fyra fall av sexuellt ofredande.
Enligt åklagaren ska tonåringen bland annat ha berört barnen på ett sexuellt sätt. Han ska även ha blottat sig för barnen, som bägge är i lågstadieåldern.
Brottsligheten pågick mellan maj 2018 och oktober förra året. I förhör har 16-åringen erkänt.