Olyckan inträffade vid 10.20-tiden i kyrkan utanför Mantorp.
I samband med arbete i kyrkan ramlade mannen från en stege och slog i huvudet i stengolvet, meddelade polisen.
Enligt en sjukhusbulletin på eftermiddagen opererades mannen akut och han är allvarligt skadad. Han vårdas på intensivvårdsavdelningen på Universitetssjukhuset i Linköping.