I det biologiska steget är det mikroorganismer som "äter upp" de organiska föroreningarna. Bassängerna ska tömmas, rengöras och byggas om under en period i vår och i sommar.
Förberedelsearbetet inleddes i fredags med att bassängerna töms inför själva byggarbetet.
– Det vi är inne i nu är egentligen projekterings- och planeringsarbete inför ombyggnaden. Det är ännu inte helt klart hur själva ombyggnaden ska ske, säger Lars Edenhofer som är VA-chef i Mjölby kommun.
Tekniska kontorets VA-avdelning har gått ut på kommunens hemsida och varnat för att det kan bli visa olägenheter för närboende under tiden detta arbete pågår. Dels kan det bli luktproblem när bassängerna töms, dels kan det bli buller och andra trafikstörningar av ökad trafik till och från reningsverket i nordöstra delen av Mjölby tätort.
Själva reningsprocessen kommer att vara intakt under tiden byggnadsarbetena sker, enligt Lars Edenhofer.
Trots att flera stora investeringar skett på Mjölkulla de senaste åren har anläggningen släppt ut för mycket kväve i omgivande vattendrag. I juni förra året konstaterade länsstyrelsen att reningsverket överskridit kraven för kvävemängder under tidigare granskade år, och beslutade om bötesavgift på 30 miljoner kronor om Mjölby kommun inte bygger om reningsverket.
Verket har visserligen sedan dess klarat kraven men måste ändå åtgärdas för att klara en allt mer ökande mängd avlopp.
I september måste ombyggnaden vara klar för att man ska slippa vite. I och med ombyggnaden kommer verkets kapacitet att öka så mycket att man kan framtidssäkra driften.
– Bassängerna som i dag är öppna och fyrkantiga kommer att ersättas med runda täckta siloliknande tankar, säger Lars Edenhofer.
Där kommer spillvattnet att renas med mikroorganismer i en betydligt större volym än dagens bassänger tillåter. Genom att tillföra syre snabbas den biologiska processen på. För att öka kontaktytan mellan mikroorganismerna och syret i bassängen tillsätter man biobärare, plastdetaljer som organismerna kan fästa på.
Ombyggnaden beräknas kosta omkring 30 miljoner kronor.
För ett par år sedan hade kommunen stora problem med dålig lukt från avloppsreningsverket. Det berodde på driftproblem i den då nyinstallerade rötgaskammaren. De problemen anser kommunen att man numera kommit till rätta med.