Enligt stämningsansökan rör det sig om två brottstillfällen i hemmet under 2017 och 2018.
Den 43-årige mannen misstänks ha dragit ett av barnen liggande nedför en trappa genom att hålla ett grepp om benet. Följden blev smärta, rivsår och rodnader på ryggen.
Åklagaren påstår också att pappan slagit det andra barnet i ansiktet så att barnet föll till golvet och slog i huvudet, med smärta och rodnad som följd.
Enligt åtalet förnekar mannen brott i det ena fallet och erkänner i det andra.