Regionen gör egna analyser – ska hitta mutationerna

Allt fler muterade virus upptäcks i Sverige. I Östergötland har regionen nu börjat göra egna analyser för att hitta de nya varianterna.

Region Östergötland sekvenserar på hemmaplan för att hitta muterade virusvarianter, berättar Andreas Westöö, stabschef i den regionala sjukvårdsledningen.

Region Östergötland sekvenserar på hemmaplan för att hitta muterade virusvarianter, berättar Andreas Westöö, stabschef i den regionala sjukvårdsledningen.

Foto: Johan Nilsson/TT, Viktor Westin

Östergötland2021-02-16 08:00

Under våren kommer arbetet med att hitta nya varianter av coronaviruset Sars-cov-2 genom så kallad sekvensering (en analys av virusets arvsmassa) bli allt viktigare för att bekämpa covid-19. I januari meddelade Folkhälsomyndigheten att regionerna ska skicka tio procent av de covid-19-positiva testerna till Folkhälsomyndigheten för analys. 

Östergötland var en av de första regionerna som upptäckte det ”brittiska muterade viruset”. Den 30 december hade två fall upptäckts. Antalet har nu ökat till 37. Sedan två veckor tillbaka har Region Östergötland riggat för att göra egna analyser för att hitta muterat virus, vilket Sveriges Television var först med att rapportera om. 

Andreas Westöö, stabschef i regional sjukvårdsledning berättar:

– Eftersom det är stor efterfrågan runtom i landet att få hjälp med sekvensering så gjorde vi bedömningen att vi har kompetensen, förmågan och utrymmet själva, så från och med i dag gör vi sekvenseringarna själva.

Men det dröjer ett tag att nå upp till tio procent, enligt Andreas Westöö.

– Vi gör allt manuellt, det finns ingen automatisering. Vi har också varit tvungna att prioritera om det här är viktigare än övriga prover, vaccinationer, iva-platser och de bitarna.

Hur resonerar ni där?

– Alla de här områdena är viktiga, men det vi resonerade fram var att vi kunde nå upp till en manuell kapacitet på sju procent. Folkhälsomyndigheten tyckte det var jättebra.

Enligt Andreas Westöö pågår ett arbete för att sekvenseringen ska bli automatiserad. Men för det behövs instrument som regionen saknar i dagsläget. Han räknar med att systemet kan vara igång inom en dryg månad.

– Då har vi en kapacitet som är högre än behovet i den här frågan.

Med den manuella sekvenseringen tar det ungefär en vecka att få ett provsvar för att se om det rör sig om en muterad virusvariant. Men det är snabbare än om regionen skulle fortsätta skicka prover till Folkhälsomyndigheten. Då skulle svaret dröja två veckor.

– Det är framför allt personer som har rest och som testats positivt för covid-19 som även analyseras för att se om de har ett muterat virus. Men även slumpvis utvalda från den ordinarie provtagningen, säger Andreas Westöö.

Kommer det ta resurser från den ordinarie provtagningen?

– Nej, det är därför vi kommer upp i den nivån som Folkhälsomyndigheten tycker är bra. Under en period får vi jobba lite mera men det är en hållbar nivå som inte skjuter upp andra viktiga saker som den ordinarie provtagningen och analyserna kopplat till den eller från vaccinationsinsatsen.

Det återstår att se hur länge regionen ska ägna sig åt sekvenseringen. Allt beror på hur smittspridningen av muterade virusen ter sig.

– Vi har ingen lägesbild kopplad till det även om vi har ganska bra koll på att det förekommer i länet eftersom vi har hittat muterat virus.

Använder andra regioner ett automatiserat system eller är det ett problem just i Östergötland?

– Min uppfattning efter att samverka med flera olika län är att många län inte har kapacitet att göra det här arbetet överhuvudtaget, medan det finns län som har det. Min uppfattning är också att Region Östergötland är ett av de få län som kan göra det själv.

Tittar ni efter de andra virusvarianterna också?

– Vi har framför allt fokuserat på det brittiska, men vi kan även hitta andra varianter. I ett sådant läge kan vi skicka dem vidare till Folkhälsomyndigheten för verifiering.

Mer om muterade virus.

Folkhälsomyndigheten bevakar särskilt tre virusvarianter som orsakat spridning i Storbritannien, Sydafrika och Brasilien. Än så länge är det den brittiska varianten som upptäcks mest i Sverige genom sekvensering, nu 423 fall, varav 37 finns i Östergötland. Enligt smittskyddsläkare i Östergötland syns inga klustersmittor eller någon större spridning. Alla har inte koppling till resenärer.

I Sverige har även sex fall av den sydafrikanska varianten bekräftats men inget fall av den brasilianska.

Så jobbar vi med nyheter  Läs mer här!