Händelsen är polisanmäld som stöld av ägaren, en Skänningebo.
Båten, som är värderad till 250 000 kr, låg förtöjd i hamnen och användes dagligen nu i semestertid.
Den fanns i hamnen på måndagskvällen men var puts väck på tisdagsmorgonen.
Polisen saknar i de första informationerna uppgifter om båttyp.