Explosionen, som bekräftas av inrikesdepartementets talesperson Qari Sayed Khosti, ägde rum mitt under fredagsbönen då moskén vanligtvis är som mest befolkad.
Enligt vittnesuppgifter har flera personer dött.
Larm om explosion i afghansk moské
En explosion ska ha drabbat en shiamuslimsk moské i staden Kunduz i norra Afghanistan.
Så jobbar vi med nyheter