Talibanstyrkor ska därefter ha visat upp liken för allmänheten att beskåda på en bil med öppet flak.
Stridigheterna tog plats i ett höghus i staden Herat i västra Afghanistan. Enligt en talesperson för talibanstyrets inrikesdepartement hade de tre personerna varit inblandade i flera kidnappningar i området.
Talibanerna tog över makten i landet i mitten av augusti. Sedan dess har terrorrörelsen IS utfört flera dåd mot det nya styret.