Skälet är att landets fängelser, med en ordinarie kapacitet på 4 100 personer, är överfulla.
President Ndayishimiye säger sig vara övertygad om att massbenådningen är helt nödvändig för att skapa rum på anstalterna och förbättra förhållandena där.
Fångar som berörs av beslutet är de som avtjänar fängelsestraff på max fem år, undantaget medlemmar i väpnade grupper och personer som anses utgöra ett hot mot rikets säkerhet.