Uppgifter från israeliska säkerhetskällor gör gällande att det rörde sig om en misstänkt iransk attack.
Fartyget var på väg från Tanzania till Indien, och kunde fortsätta färden trots beskjutningen.
Det israeliska mediebolaget Ynet rapporterade att fartyget, flaggat i Liberia, inte fick några allvarliga skador. Uppgifterna har inte bekräftas av representanter för fartyget eller av den israeliska regeringen.