Det handlar om en kvinna som insjuknade i staden Biena den 1 februari och som avled i Butembo två dagar senare.
Det senaste ebolautbrottet i östra Kongo-Kinshasa förklarades vara över i somras. Omkring 2 300 människor hade då avlidit.
Ett mindre utbrott i nordvästra delen av landet i fjol krävde drygt 50 liv.