På videor syntes hur poliser efter skärmytslingar släpade in gripna i polisbussar.
Under nära tre månader har protester pågått mot att president Recep Tayyip Erdogan utsett en regimvänlig rektor att leda Istanbuls prestigefyllda Bogazici-universitet.
De som greps på fredagen protesterade vid domstolen mot att ett 20-tal studenter rönt samma öde dagen före på universitetsområdet.
Protesterna vid Bogazici-universitet började tidigt i januari och spreds inom kort i Istanbul och senare till andra städer. Sammanlagt har cirka 600 personer gripits och flera våldsamma sammanstötningar mellan demonstranter och polis har förekommit.
Erdogan kallar de protesterande "terrorister" och "hbtq-ungdomar" som underminerar "nationella och religiösa värderingar".