Domstolen finner honom skyldig till att ha olovligen ha beordrat frisläppandet av en dömd brottsling, i ett fall som orsakade en våldsam maktkamp med hans efterträdare, nuvarande presidenten Sooronbaj Zjeenbekov.
Domstolen beslutar även att Atambajev, som styrde landet mellan 2011 och 2017, ska fråntas sina fastigheter och sina företag.
Den 63-årige exledaren, som säger sig lida av dålig hälsa, var inte på plats för att motta domen.
Till grund för fallet står frisläppandet 2013 av gängledaren Aziz Batukajev. Det upptäcktes senare att de läkarintyg som användes som motivering till att släppa Batukajev i förtid var förfalskade. Atambajev hävdar dock att han inte kände till det.
Gripandet av Atambajev i augusti förra året blev våldsamt då hans anhängare försökte stoppa polisen från att storma hans bostad.