Hon angav ingen orsak till avgångsbeslutet i det brev hon skrev till president Iván Duque, men det kommer efter veckor av omfattande protester mot regeringens skattereform.
Nyligen avgick också finansminister Alberto Carrasquilla.
Demonstrationerna inleddes den 28 april mot en reform som bland annat innefattade en momshöjning. Reformen har dragits tillbaka, men protester fortsätter med krav om minimilön och mot utformningen av en planerad hälsoreform.