Enligt spansk polis planerade de två männen att skapa en vit maktgrupp vars mål var att utföra rasistiska våldsdåd.
En av männen greps i Ronda i Andalusien, den andre i Pamplona i nordvästra delen av landet. Polisutredningen har pågått i ett år, och vid tillslagen fann polis nazistsymboler och vit makt-propaganda.
"I budskap på internet har de uttryckt vilja att skaffa vapen och inleda något de kallar för raskrig", skriver polisen i ett uttalande.
De ska också ha uttryckt stöd för Brenton Tarrant, som dödade 51 personer i Christchurch i Nya Zeeland i ett terrordåd riktat mot muslimer i fjol.
De båda ställdes inför en domstol i Lleida i Katalonien, men släpptes mot borgen. Anklagelserna rör hatbrott, innehav av vapen och stöd för terrorism.