Det meddelar landets utrikesminister Luigi Di Maio efter det att han kallat upp Rysslands ambassadör för att informera om straffåtgärden och framföra sin kritik.
Polisen i Italien har gripit en italiensk kapten och en rysk diplomat, misstänkta för spionage sedan de blivit påkomna med att byta dokument mot pengar.
Kreml säger i en kommentar att man hoppas att Ryssland och Italien kommer att fortsätta att ha en positiv och konstruktiv relation trots gripandet i Rom. Talespersonen Dmitrij Peskov säger sig inte ha någon mer information om saken.