"Jag har bestämt mig för att omedelbart stoppa NRC:s verksamhet i läger för internt fördrivna människor", säger ministern för humanitärt arbete, Hélène Marie Laurence Ilboudo, i en skrivelse daterad den 27 september.
Flyktninghjelpen har inte kommenterat beslutet men i mitten av september sade man att regeringens senfärdighet att registrera fördrivna människor, vilket gör det möjligt för dem att söka biståndshjälp, fick som konsekvens att många tvingades tillbaka till farliga områden.
Det är första gången som en icke-statlig organisation hindras i landet. Burkina Faso har de senaste åren drabbats av otaliga jihadistattacker som krävt nära 2 000 liv.
Flyktninghjelpen har arbetat i landet sedan 2019.