Samtalen mellan säkerhetscheferna ägde rum under natten.
Enligt Kirgizistans krisdepartement omfattar evakueringar i området 136 000 människor.
Hittills har 24 dödsoffer krävts i striderna i Batkenregionen och över 100 människor har skadats. Det är oklart vad som lett till våldet mellan de centralasiatiska grannarna, men de båda länderna har anklagat varandra för angrepp och provokationer.
Striderna blossade upp i onsdags och intensifierades under fredagen då ett försök att få till stånd ett eldupphör fallerade snabbt. Efter en paus natten mot lördag fortsatte våldet på morgonen.
Ledarna för de tidigare Sovjetrepublikerna har beordrat respektive länders militär att omedelbart dra sig tillbaka från gränsområdet. Beskedet kom under det asiatiska SCO-toppmötet i Uzbekistan på fredagen.
Sammandrabbningar inträffar då och då utefter den närmare 100 mil långa gränsen. De två länderna har haft en utdragen konflikt om Batkenområdet, samt om en vattenreservoar inom detta.