Beslutet togs vid ett regeringssammanträde.
– Regeringen bestämde att avtalet inte lever upp till kravet på den nationella säkerheten, sade en talesperson för premiärministern Ingrida Simonyte efter sammanträdet.
Enligt litauisk lag kan regeringen hindra statliga bolag från att ingå avtal om de bedöms vara skadliga för den nationella säkerheten.
I somras rapporterade The Wall Street Journal om hur den amerikanska regeringen försökte övertyga europeiska länder att undvika Nuctech.
Nuctechs dotterbolag i Nederländerna förstår inte oron utan säger att scanningutrustningen tillverkas i Polen, rapporterar nyhetsbyrån BNS.