Det fick landets höger och ytterhöger att gå i taket.
"Leda Europa ja, radera Frankrikes identitet nej", twittrade Republikanernas presidentkandidat Valérie Pécresse.
Marine Le Pen från högerextrema Nationell samling hotade att anmäla flaggväxlingen till Frankrikes högsta förvaltningsdomstol. När EU-flaggan på söndagen halades twittrade nationalistledaren triumferande om en "stor patriotisk seger" och hävdade att en "massiv mobilisering" hade tvingat den Europaorienterade presidenten Emmanuel Macron att backa.
Det förnekas emellertid av det presidentens kansli, som hävdar att planen hela tiden varit att EU-flaggan enbart skulle hänga över helgen.