Samtliga var nästan helt nakna och några var skadade, säger Paulina Bakula från EU:s gränsmyndighet Frontex. Grekland misstänker att migranterna tvingats över gränsen från Turkiet till den grekiska sidan.
De nödställda, de flesta från Syrien och Afghanistan, fick omedelbar hjälp av Frontexmedarbetare och grekisk personal.
Greklands minister för civilt skydd, Takis Theodorikakos, anklagar Turkiet för att medvetet skicka migranter över gränsen. Han säger att migranterna förts till gränsfloden med hjälp av tre turkiska militärfordon.
Ankara förnekar inblandning i förflyttningen av migranterna. Turkiets inrikesminister Ismail Catakli skriver på Twitter att Grekland bör upphöra med "att manipulera och vara oärligt".