Myndigheterna har inte gått ut med några fler detaljer om kön och ålder på de dödade.
Våldsamheterna ska ha börjat i fredags och fortsatt på lördagen i ett område omkring 16 mil väster om Guatemalas huvudstad.
Polisen har hittat en delvis utbränd lastbil, samt en beskjuten polisbil. Förutom den dödade polisen uppges två av dennes kollegor ha skadats.
Konflikten mellan de två samhällena sträcker sig hundra år tillbaka enligt myndigheterna, och våldet i området har eskalerat på senare tid.
I augusti lovade inrikesminister Gendri Reyes områdets invånare att polisnärvaron skulle öka i båda samhällena för att förhindra oroligheter.