56-årige Mia, som även var vice ordförande i styrande kongresspartiet, testade positivt för viruset i förra veckan. Belekanyama hade varit sjuk i två veckor då han avled.
De båda dödsfallen inträffade samma dag, på tisdagen. President Lazarus Chakwera skriver i ett uttalande att han är "djupt sorgsen" över beskedet.
Malawi, i södra Afrika, har hittills registrerat blygsamma 235 dödsfall med koppling till covid-19. Omkring 9 000 konstaterade fall av smittan har registrerats. Landet har drygt 19 miljoner invånare.