Det nya kontor som ska upprättas specifikt för att hjälpa hongkongeser planeras öppna den 1 juli, vilket är samma datum som den forna brittiska kolonin återlämnades till kinesiskt styre 1997.
Kina, som gör anspråk på Taiwan som en av sina provinser, har fördömt regeringen i Taipei för dess planer. Beslutet om inreselättningarna kommer i samband med Kinas nya, kontroversiella säkerhetslag i Hongkong.
De som av humanitära skäl önskar lämna Hongkong för Taiwan kommer att kunna ansöka om att få bli insläppta, och kommer därefter att behöva isolera sig i 14 dagar.
Taiwan stängde så gott som helt sina gränser på grund av coronapandemin i mitten av mars, men införde aldrig någon total nedstängning av samhället. Hittills har landet registrerat 446 smittade och sju dödsfall.