I videon som spritts på sociala medier syns de två nakna kvinnorna omgivna av mängder av unga män som tar på kvinnornas könsdelar och släpar kvinnorna till en åker.
De gripna ska ha identifierats genom filmen.
Stacks i brand
Polisen i delstaten Manipur vidtog enligt det styrande hindunationalistiska Indiska folkpartiet BJP åtgärder när videon dök upp i sociala medier över två månader efter händelsen. En "grundlig utredning" pågår, twittrar delstatens regeringschef N Biren Singh, som inte utesluter dödsstraff för de skyldiga.
Men lokalbefolkning tog lagen i egna händer och hämnades på två av de misstänkta gärningsmännen som deltog i mobbens trakasserier av kvinnorna. Ilskna grupper bestående av främst kvinnor satte eld på de utpekades hem på fredagen, enligt lokala medier.
Modi fördömer
Under torsdagen kallade premiärminister Narendra Modi händelsen för "skamlig för vilken som helst nation".
Händelsen ska ha ägt rum i början av maj då våldet i Manipur eskalerade med anledning av en konflikt om tillgång till statliga jobb och andra förmåner.
Bostäder och kyrkor har bränts ned, och tiotusentals människor har flytt från sina hem. Manipur ligger i ett avlägset område och delstaten har i årtionden drabbats av återkommande oroligheter mellan olika folkgrupper och separatistiska grupper.