Polisen larmades till fyndplatsen efter att en taxichaufför sett en låda dumpas från ett fordon utan registreringsskyltar. Poliserna som öppnade lådan hittade en förruttnad manskropp iklädd vad de beskriver som kvinnokläder. Kvarlevorna identifierades senare som Chiloba.
Enligt polisen finns ännu ingen misstänkt och heller inget känt motiv till dådet. Kroppen hittades runt fyra mil utanför staden Eldoret.
Chiloba, som är en välkänd modell, modedesigner och hbtq-aktivist i Kenya, uppges tidigare ha överfallits på grund av sin aktivism. I konservativa Kenya, där sex mellan män är olagligt, utsätts homosexuella ofta för diskriminering och fysiska attacker.
Hbtq-organisationer i Kenya kräver nu en snabb utredning av mordet och att gärningspersonerna grips och ställs inför rätta.
– Vi som samfund, som kenyaner, vill veta vad som hände Edwin, varför han mördades och vem som dumpade hans kropp på platsen, säger Becky Mududa vid organisationen Kenya LGBTQ feminist forum.
I april hittades en annan kenyansk hbtq-aktivist mördad i landet.