Trion kunde gripas djupt inne i skogen omkring 200 kilometer öst om Nairobi. Polisen misstänker att männen var på väg mot gränsen till Somalia.
En av fångarna avtjänar ett 41 år långt fängelsestraff för inblandning i ett terrordåd av den somaliska jihadistgruppen Al-Shabaab, då 148 personer mördades vid en högskola i Garissa.
Enligt kenyanska medier finns motstridiga uppgifter om hur trion lyckats rymma från ett av landets mest hårdbevakade fängelser. På onsdagen fick Kenyas högsta fängelsechef sparken. Flera chefer samt anställda vid högsäkerhetsfängelset har också förlorat sina jobb och gripits.
– De misstag som begicks i måndags är oförlåtliga, säger inrikesministern Fred Matiangi på torsdagen.
Säkerheten i Kenya har höjts i samband med rymningen, uppger Matiangi. Åtgärderna kommer också efter två självmordsbombningar i grannlandet Uganda på tisdagen. IS har tagit på sig dåden.