"Efter anklagelser om påstådda övergrepp begångna mot civila ... har det nationella gendarmeriet inlett utredningar efter instruktioner från försvarsdepartementet", säger den militära åklagaren i ett uttalande.
Malis armé meddelade den 1 april att över 200 personer i slutet av mars hade "oskadliggjorts" i byn Moura i en räd mot vad armén kallar för terroristterritorium.
Beskedet kom samtidigt som vittnesmål från byn uppgav att civila hade dödats av maliska och utländska, troligtvis ryska, soldater. Enligt organisationen Human Rights Watc (HRW) handlar det om 300 civila som har dödats.
Operationen mot byn, som ligger i centrala Mali, ska ha pågått i sex dagar.