Intresset för Orlando Hernández uppdagades när federala åklagare lämnade in handlingar till en domstol i New York om knarksmugglaren Geovanny Fuentes Ramirez från Honduras. Förutom presidenten uppgavs det att "högt uppsatta tjänstemän" fanns med i utredningen.
Orlando Hernández, som varit president sedan 2014, har redan tidigare funnits med i polisutredningar om knarksmuggling, med uppgifter om att han ska ha tagit emot betalning i gengäld mot löfte om att misstänkta knarksmugglare inte skulle lämnas ut till USA.
Åklagare hävdar i utredningen att samarbetet med myndigheter i Honduras har varit trögt.
Uppgiften om utredningen kommer samtidigt som USA:s president Joe Biden planerar stora ekonomiska insatser i Honduras och andra Centralamerikanska länder i försök att minska migrationen från länderna till USA.