Pasjinian har sagt att Armenien var tvunget att skriva under för att undvika ytterligare svidande territoriella förluster, och har avfärdat kraven på att avgå.
Däremot har en ny försvarsminister utsetts: Vagharsjak Harutjunjan, som tills nu varit rådgivare i försvarsfrågor, meddelar landets presidentkansli.
"I den rådande situationen är det nödvändigt att minska spänningarna. Jag vill att min avgång ses i just den kontexten", skriver den nu före detta försvarsministern Davit Tonojan i ett uttalande.
Missnöjet i Armenien över avtalet om vapenvila riktar sig mot att landet gått med på att ge upp kontrollen över flera omstridda områden som hållits av armeniska separatister sedan 1990-talet.