Kampen står om vem som ska möta den unge socialistiske ekonomen Andrés Arauz i den andra valomgången i april.
Arauz vann förra veckans första valomgång med 32,7 procent av rösterna – men bakom honom skiljer det endast en knivsudd mellan miljö- och vänsterpolitikern Yaku Pérez och den konservative före detta finansmannen Guillermo Lasso.
Med 99,99 procent av rösterna räknade får Lasso 19,74 procent och Pérez 19,38 procent.
På grund av det jämna utfallet kommer nu valkommissionen att räkna om samtliga röster i landets största provins Guayas, samt hälften av rösterna i ytterligare 16 av landets 24 provinser.
Pérez, som är en framträdande ledare för landets ursprungsbefolkning, hävdar att det har förekommit felaktigheter i valet och vill se en omräkning i samtliga provinser, vilket Lasso stödjer.