Brad Parscale kommer i stället att arbeta med digitala strategier och fungera som rådgivare under kampanjen, uppger presidenten på Facebook.
Parscale ska internt ha fått skulden för att kampanjmötet i Tulsa för några veckor sedan inte drog så mycket folk som planerat.
I sitt uttalande ger Trump både Parscale och Stepien beröm för insatserna under kampanjen 2016 och skriver att han tror att den här kampanjen kommer att bli mycket lättare.
Ommöbleringen kommer i samband med att Demokraternas presidentaspirant Joe Biden leder i opinionsundersökningar med mindre än fyra månader kvar till valet.