Många av de som omkom i branden var äldre eller sjuka personer som inte kunde ta sig ut ur den 13 våningar höga byggnaden efter att branden bröt ut under natten till torsdagen lokal tid.
41 människor skadades.
Stadens borgmästare Chen Chi-Mai meddelar att ett oberoende grupp bildas för att utreda om försumlighet bidragit till brandkatastrofen.
Enligt stadens styre omfattades byggnaden av brandskyddsregler och skulle besökas av inspektörer. De har dock inte kunnat komma in på senare tid eftersom dörrarna alltid varit låsta och det inte gått att samordna besöken med fastighetsägarna.
I husets lägre våningar fanns butiker, restauranger och andra verksamheter, många av dem stängda, och runt 120 bostäder på de övre våningarna.
Även orsaken till branden utreds så snart som möjligt, meddelar åklagare Hong Ruei-Fen under ett besök vid brandplatsen.
Endast 21 av de 46 döda har hittills kunnat identifierats, uppger borgmästaren.