Parlamentsledamöterna Muhammad Ssegirinya och Allan Ssewanyana står åtalade för mord och terrorism. De två anklagas för delaktigt i en brottsvåg i regionen Masaka, där civila har dödats i sina hem.
Deras advokat Erias Lukwago kallar åtgärden för "politisk förföljelse".
NUP:s ledamöter återvänder inte till parlamentet förrän deras "kollegor som häktats under oklara omständigheter och hemska förhållanden släpps fria", säger Mathias Mpuuga, oppositionsledare i parlamentet.
De båda lagstiftarna hålls mot sina nekanden i det ökända högsäkerhetsfängelset Kigo, nära huvudstaden Kampala, till den 13 oktober, enligt advokaten.
Fred Enanga, talesperson för den ugandiska polisen, säger att tidigare åtalade pekat ut de båda parlamentsledamöterna för att ha organiserat attackerna i syfte att sprida skräck bland befolkningen och väcka hat mot regeringen.
För drygt en vecka sedan stoppade regeringen i Uganda, med president Yoweri Museveni i spetsen, ett 50-tal människorättsgruppers verksamhet i landet.