Efter att påve Franciskus nyligen liknat Nicaragua med Nazityskland, och kallat den auktoritäre nicaraguanske presidenten Daniel Ortega "obalanserad", har ländernas relationer varit på gränsen till kollaps.
Vatikanens diplomat i Nicaragua, monsignore Marcel Diouf, reste till Costa Rica i fredags.
Att ambassaden stängdes "skedde som ett resultat av en förfrågan från den nicaraguanska regeringen", enligt Vatican News.