Orlando Pride-anfallaren återvände till USA från England och Super League-laget Tottenham förra månaden och tillsammans med sin familj fick hon positiva provsvar under julledigheten i Kalifornien.
"Dessvärre avslutade min familj och jag 2020 genom att få reda på att vi smittats med covid i Kalifornien. Vi håller alla humöret uppe och återhämtar oss på ett bra sätt", skriver Morgan på Twitter.
När den nordamerikanska ligan NWSL tvingades till ett komprimerat upplägg på grund av coronapandemin valde flera stora stjärnor att skriva på lånekontrakt med europeiska klubbar. 31-åriga Morgans val föll på Tottenham, där hon gjorde två mål på fem matcher.