28-åringen har vunnit säsongens hittills enda världscuptävling i disciplinen men har haft problem med en fot efter en stukning för två veckor sedan.
Svenska landslagets sportchef Stefan Karlsson säger att förhoppningen är att Mattsson ska kunna tävla i big air, där kvalet körs på söndag.
”Niklas känner att det inte riktigt håller. Han kommer försöka gå för big air-tävlingen i stället och kommer därför stå över slopestylen i morgon”, skriver landslagets sportchef Stefan Karlsson i ett sms till DN.
Sverige kommer därmed endast till start med två åkare i slopestyle: Sven Thorgren och William Mathisen.
Kvalet inleds klockan 21 i kväll. Finalen körs på fredag.