Skirö tog ledningen i början av första halvleken genom Tobias Lisell.
Motala kvitterade till 1-1 genom Olle Lindgren tidigt i matchen av halvleken.
Skirö gjorde dock två mål och gick från 1-1 till 1-3.
Motala reducerade dock på nytt till 2-3 genom Olle Lindgren i 23:e minuten av halvleken.
Skirö utökade ledningen igen genom Tobias Lisell, som gjorde sitt andra mål, i 28:e minuten och kom allt närmare segern.
Motala gjorde 3-4 genom Eric Åkerlund-Olsson i 38:e minuten av halvleken.
I 42:e minuten gjorde Skirö 3-5 genom Felix Karlsson och tog ett rejält grepp om matchen. Skirö ökade ledningen till 3-6 genom Andreas Bergdal efter 55 minuters spel.
Motala reducerade förvisso genom två mål av Olle Nordlund, men närmare än 5-6 kom inte Motala.
Skirös Tobias Lisell stod för tre poäng, varav två mål. Jonas Enander hade tre assists för Motala.
Det här betyder att Motala är kvar i serieledning, och Skirö stannar på fjärde plats, i tabellen.
När lagen senast möttes vann Motala med 4-3.
Nästa motstånd för Motala är Tjust. Lagen möts lördag 1 februari 14.00 på Tjustvallen.